Com a instituição legal do Sistema Nacional de Unidades de Conservação (SNUC), estabeleceu-se uma nova estratégia de conservação do meio ambiente no Brasil. Diversas modalidades de Unidades de Conservação (UCs) com características diferentes foram criadas com a finalidade de preservação de áreas de grande relevância, sendo que a lei também determinou que cada unidade deve ter um Plano de Manejo.

 O Plano de Manejo é um instrumento para planejar e gerenciar as UCs, ele é elaborado após devida análise de fatores bióticos, abióticos e antrópicos da Unidade e da área do seu entorno.  Ele define a forma como a região pode ser utilizada sustentavelmente prevendo as ações de manejo a serem implementadas. Assim, é de interesse das comunidades e do NAPRA participar diretamente do plano, sendo que essa participação teve início em 2005, com o estabelecimento de uma parceria para a realização de um diagnóstico sócio-econômico das comunidades pertencentes e do entorno da Reserva Extrativista Cuniã (RESEX-Cuniã), Estação Ecológica Cuniã (ESEC-Cuniã) e Floresta Nacional Jacundá (FLONA-Jacundá) em Rondônia.

O diagnóstico foi feito em parceria com o IBAMA e está prevista a revisão dos dados para a atuação em 2007. Desde o início de 2006 o NAPRA vem também participando do Conselho Consultivo das três unidades e da equipe de elaboração do plano de manejo, sendo que a atuação desse projeto não se restringe ao mês de julho e ocorrem várias viagens a Rondônia durante o ano. Os participantes do projeto se propõem a defender às populações ribeirinhas, a preservação de sua cultura e de seu modo de vida para que a natureza não fique resguardecida.